O processo de Licenciamento Ambiental do Arquipélago de Manguinhos teve seus relatórios e acompanhamentos realizados por CEPEMAR SERVIÇOS DE CONSULTORIA EM MEIO AMBIENTE LTDA, e foi aprovado pela Secretária Municipal do Meio Ambiente da Prefeitura de Serra, depois de ouvidos os órgãos Estaduais e Federais, através das Licenças ambientais LP Nº361/2006 e Licença de Instalação Nº 361-2006.