O processo de Licenciamento Ambiental do Arquipélago de Manguinhos teve seus relatórios e acompanhamentos realizados por CEPEMAR SERVIÇOS DE CONSULTORIA EM MEIO AMBIENTE LTDA, e foi aprovado pela Secretária Municipal do Meio Ambiente da Prefeitura de Serra, depois de ouvidos os órgãos Estaduais e Federais, através das Licenças Ambientais LP Nº361/2006, Licença de Instalação Nº 361-2006 e Licença de Operação Nº 61/2011.